首先是自然周期，使用自然周期的方案不用促排卵藥物來刺激卵巢排卵，比較適合有些患者本身就有較好的卵巢，這樣的情況完全可以利用培養技術，將自身就已經儲備的卵泡培養成成熟卵泡，而后再進行試管嬰兒治療。

此方案因為不用對女性進行促排卵治療，從而減少了卵巢過于受到刺激的幾率，除此之外，自然周期治療每次只需要取出一個卵子就好，所以也避免了多胎妊娠的現象。
 
因為這個方案只能取出一個卵子，所以要是在取卵環節失敗那也可能會代表著試管嬰兒治療的失敗，除此之外，自然周期治療還要進行反復檢測LH值以推算排卵的時間。因為操作過程過于復雜，所以要是在培養環節出現相關的問題，那很可能會造成沒有胚胎的現象。

由此可以看到，自然周期治療雖然在某種程度上可以減少患者身體上的痛苦，但其實它的成功率不是很高。

其次是人工周期，這個方案要通過一系列的促排卵藥物刺激卵巢，以便卵巢產生更多的成熟卵子，比較適合有排卵障礙的女性。

按照正常情況來講，女性在每個月經周期內只能生長發育，同時排出一個成熟的卵子，而在人工周期治療內，因為已經使用了促排卵藥物，所以卵巢可以生長出多個成熟卵子以便取出，而后再進行體外受精，這也是大大提高了人工周期治療的成功率。

其實，因為人工周期治療是要使用促排卵藥物進行排卵，所以在這過程中可能會有些痛苦，除此之外，也有可能會因為使用了相關的藥物而致使卵巢過度刺激，用時也較長，費用跟自然周期相比也較高。

總之就一句話，兩者之間各有各的優點跟缺點，所以沒有辦法放在一起進行比較，進行試管嬰兒治療時要選擇最適合自己的，這樣才是對成功率最大的幫助。