截至2013年12月底，醫學院設有7個院系，開辦4個本科專業；共有教職員工和醫護人員近16000人，在讀醫學生約5000人（其中本科生約2500人，碩士研究生1300余人，博士研究生1200余人，留學生500余人）。
臨床醫學專業八年制：實行“八年一貫、兩段完整”的“4+4（，本博連讀，4年非醫類本科教育和4年醫學教育）”培養模式。
臨床醫學專業五年制和口腔醫學專業五年制：將有不少于150名優良學生直接進入“5+3”一體化培養，即本科畢業后直接進入該校與住院醫師規范化培訓有機銜接的3年臨床醫學碩士專業學位研究生教育階段。經過3年臨床醫學碩士專業學位研究生培養和住院醫師規范化培訓，考核合格后，學生將獲得碩士研究生畢業證書、碩士專業學位證書、執業醫師資格證書和住院醫師規范化培訓合格證書。
預防醫學專業五年制：培養掌握有系統的預防醫學基本理論、基本知識和基本技能，具有相當實踐能力、創新能力和國際化視野的預防醫學高級專門人才，并成為未來公共衛生領域的實踐者、研究者和領導者。
生物醫學專業四年制：與英國愛丁堡大學簽訂生物醫學“3+1本碩學位”培養項目，即在浙江大學學習3年，第4年赴愛丁堡大學學習1年，可獲得浙江大學學士學位和愛丁堡大學碩士學位。