醫院是全國肝膽病防治技術示范基地、全國妊娠乙肝防治示范基地，全國脂肪肝規范診療中心，難治性癌痛規范化診療示范基地、江蘇省博士后創新實踐基地。國家藥物臨床試驗機構。醫院同時是江蘇省傳染科醫療質量控制中心、省中西醫結合肝病研究中心、省病毒性肝炎診療中心、省重癥瘧疾診療中心、省重危孕產婦救治指導中心、南京市消化病臨床醫學中心、南京地區市級胸痛救治中心建設單位。

醫院有國家臨床重點專科1個，省重點學科、專科7個，市重點專科4個，國家中醫藥管理局重點研究室1個。其中感染性疾病科為國家級臨床重點專科，感染性疾病學為江蘇省醫學重點學科。傳染科、腫瘤科、婦產科、普通外科、肝病科、結核科為江蘇省省級臨床重點專科，中西醫結合科為江蘇省示范中醫科，腸道及其他傳染病科、檢驗科、醫學影像科、重癥醫學科為南京市臨床重點專科，中心實驗室為南京市醫學重點實驗室。

多年來，醫院堅持科技興院，重視科研發展。近五年獲科研成果37項，其中部級獎2項，省科學技術進步獎5項，省衛計委醫學新技術引進獎17項，南京市科學技術進步獎5項。承擔國家自然科學基金13項，傳染病防治國家科技重大專項10項，省部級科研項目30項。編寫專著41部，獲專利證書34項。發表SCI論文176篇（最高影響因子59.558），中華系列期刊論文90余篇。

“精誠奉獻，惠澤民生”。多年來，南京市第二醫院堅持公益惠民的宗旨，積極推進醫聯體建設，并通過 “黨員示范崗”“黨員志愿者“工人先鋒號”“青年文明號”等創建工作，持續提升社會效益。醫院以擔當社會責任為己任，積極參與非典、重癥甲型H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉等重大傳染病救治，奔赴四川雅安地震災區指導衛生防疫工作，圓滿完成青奧會醫療保障等各項應急保障任務，積極開展援藏、援疆、援非對口支援。醫院先后榮獲衛生部“全國抗非先進集體”、中組部“全國抗非先進黨組織”、全國抗“非典”工作先進基層黨組織、榮獲國家衛生計生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表現突出單位”、國家埃博拉出血熱疫情防控先進集體榮譽稱號。

風勁帆揚，砥礪前行，如今的南京市第二醫院，翻開嶄新的一頁。醫院將通過建設江蘇肝健康聯盟，進一步創新互聯網+醫院模式，建立分級診療和雙向轉診機制，不斷增強醫療服務核心競爭力和綜合實力。通過南京中醫藥大學、徐州醫科大學、東南大學等平臺，力爭成為專科特色顯著、中西醫并重、綜合能力強的三級甲等醫院，并在爭創國家級區域醫療中心的道路上，拼搏奮進、開拓創新，不斷增進人民群眾健康福祉，向著以人民為中心，以健康促小康的目標，不斷邁進。