醫(yī)院始建于1935年5月福州成立的福建省立福州產(chǎn)育院，1938年抗日戰(zhàn)爭時期遷到沙縣西門，建立臨時診所先后稱福建省立高級助產(chǎn)職業(yè)學(xué)校附屬醫(yī)院、福建省立產(chǎn)院。1945年抗戰(zhàn)勝利后回遷福州市烏山路先后改稱福建省婦嬰保健院、福州市平民產(chǎn)院。新中國建立后1951年3月成立福建省婦幼保健院。在“文化大革命”期間從專科性婦幼保健院轉(zhuǎn)為綜合性醫(yī)院，1970年4月從省屬下放福州市稱福州市第三醫(yī)院，1973年3月收回歸省屬改為福建省婦幼保健院。1979年省婦幼衛(wèi)生計劃生育工作隊改組為福建省婦幼保健指導(dǎo)所，掛靠省婦幼保健院。1991年3月福建省婦幼保健指導(dǎo)所并入醫(yī)院設(shè)立保健部。1996年通過衛(wèi)生部評審成為全國首家三級甲等婦幼保健院，2003年經(jīng)福建省衛(wèi)生廳批準增加“福建省婦兒醫(yī)院”第二稱謂。

福建省婦幼保健院遵循“以保健為中心、以保障生殖健康為目的、實行保健與臨床相結(jié)合、面向群體、面向基層和預(yù)防為主”的工作方針，擔負全省婦女兒童保健技術(shù)業(yè)務(wù)指導(dǎo)和婦女兒童常見病、多發(fā)病及疑難病癥的診治、教學(xué)、科研工作。

保健部下設(shè)4個業(yè)務(wù)科室和17個二級業(yè)務(wù)門診，以福建省婦女、兒童發(fā)展綱要為指導(dǎo)，作為全省婦幼保健業(yè)務(wù)指導(dǎo)中心，通過婦幼保健項目的實施，加強保健工作，規(guī)范產(chǎn)、兒科技術(shù)，開展基層婦幼衛(wèi)生技術(shù)指導(dǎo)，降低孕產(chǎn)婦死亡率和嬰兒死亡率，為廣大婦女兒童提供優(yōu)質(zhì)的醫(yī)療保健服務(wù)。

八個福建省省級中心掛靠醫(yī)院開展工作。福建省新生兒疾病篩查中心、福建省新生兒救護中心依托全省建立的新生兒疾病篩查和救護體系，負責全省范圍新生兒疾病防治和救護工作；福建省宮頸疾病診治保健中心開展子宮頸癌的預(yù)防及癌前病變規(guī)范化診斷與治療工作，為國家衛(wèi)生部十年百項PCC項目示范基地。福建省兒童救護中心負責全省兒科診療技術(shù)培訓(xùn)及全省兒科危重癥的救護工作。福建省生殖健康中心于2003年通過國家衛(wèi)生部專家組評審，成為省內(nèi)首家獲準開展輔助生殖技術(shù)的醫(yī)療機構(gòu)，開展輔助生殖健康領(lǐng)域的臨床、科研、培訓(xùn)工作，1999年1月5日我省首例雙胞胎試管嬰兒誕生，填補省內(nèi)生殖醫(yī)學(xué)空白；福建省產(chǎn)前診斷中心于2009年5月通過衛(wèi)生部專家組評審，開展胎兒先天性缺陷和遺傳性疾病診斷及相應(yīng)的篩查工作，遺傳疾病、優(yōu)生優(yōu)育的方面研究處于省內(nèi)領(lǐng)先水平；福建省兒童保健示范中心建設(shè)項目于2013年8月正式啟動，開展全省兒童保健服務(wù)技術(shù)標準化、規(guī)范化工作。福建省婦女保健示范中心于2016年12月通過驗收，開展婦女全生命周期保健工作，探索我省婦女保健服務(wù)模式創(chuàng)新和水平提升。在福建省衛(wèi)生計生委高水平臨床醫(yī)學(xué)中心建設(shè)規(guī)劃中，醫(yī)院負責承建福建省兒童醫(yī)學(xué)中心和福建省生殖醫(yī)學(xué)中心。

福建省醫(yī)學(xué)會婦產(chǎn)科學(xué)分會、兒科學(xué)分會、圍產(chǎn)醫(yī)學(xué)分會、計劃生育學(xué)分會、生殖醫(yī)學(xué)分會、福建省預(yù)防醫(yī)學(xué)會婦幼保健專業(yè)委員會、福建省預(yù)防醫(yī)學(xué)會出生缺陷與控制委員會、福建省優(yōu)生優(yōu)育與婦幼保健協(xié)會兒童早期發(fā)展專業(yè)委員會、福建省護理學(xué)會婦產(chǎn)科專業(yè)委員會、福建省護理學(xué)會婦產(chǎn)科專業(yè)委員會、福建省衛(wèi)生信息協(xié)會信息技術(shù)分會掛靠醫(yī)院開展工作。醫(yī)院是福建醫(yī)科大學(xué)非直屬附屬醫(yī)院，承擔福建醫(yī)科大學(xué)、福建中醫(yī)藥大學(xué)、莆田學(xué)院、福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學(xué)院、漳州衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學(xué)院等醫(yī)學(xué)院校的專業(yè)理論教學(xué)和見、實習任務(wù)，同時承擔基層婦幼保健人員的進修培養(yǎng)工作。醫(yī)院設(shè)有6個碩士點，1個博士點，承擔國內(nèi)外研究生的培養(yǎng)和實習任務(wù)。近五年我院在科研課題、成果中也不斷取得突破，全院共獲得院外立項課題101項。其中國家級5項，省部級項目41項，廳市級項目55項，共獲資助經(jīng)費1772.721萬元。獲得科技獎24項，其中省部級10項，廳市級14項。

醫(yī)院以誠信、奉獻、求實、創(chuàng)新的精神開拓進取，曾先后獲得“全國創(chuàng)建文明行業(yè)工作先進單位”“全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體”“全國婦幼衛(wèi)生工作先進單位”“全國衛(wèi)生文化建設(shè)先進單位”“全國計劃生育科學(xué)技術(shù)先進集體”“全國模范職工之家”“全國女職工組織先進集體”“全國維護婦女兒童權(quán)益先進集體”等國家級和省部級榮譽稱號，同時被省委、省政府授予“創(chuàng)文明單位建滿意窗口先進單位”“福建省三八紅旗集體”“福建省五一勞動獎狀”等多項榮譽稱號。